Wiedza o procesach zachodzących w przyrodzie i kontrola stanu środowiska leśnego pozwalają leśnikom na wczesną diagnozę zagrożeń, mogących wpłynąć negatywnie na stan lasu. Każdego roku podejmują oni działania mające na celu zachowanie trwałości lasu i zwiększenie jego naturalnej odporności na czynniki szkodotwórcze.

Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

biotyczne (np. owady fitofagiczne, grzyby pasożytnicze, zwierzynę),

abiotyczne (np. huragany, okiść, mróz, susze),

antropogeniczne (np. pożary, skażenie powietrza, szkody górnicze).

          Stan sanitarny i zdrowotny lasów Nadleśnictwa Gorlice jest dobry. Okresowo wysoki poziom użytków przygodnych spowodowany był gwałtownymi zjawiskami atmosferycznymi bądź anomaliami pogodowymi (okiść, szadź, susza, wiatr). Powszechnym zjawiskiem staje się coraz częściej obserwowane „zamieranie jesiona". Nie stanowi to jednak gospodarczego problemu gdyż jesion w Nadleśnictwie Gorlice występuje przeważnie jako gatunek domieszkowy, względnie współpanujący Należy na czas występowania tego zjawiska określić gatunki zastępcze stosowane do potrzeb planowania hodowlanego. Proponuje się udział jesiona w składach upraw zastępować wiązem bądź jaworem.

            Z innych czynników biotycznych mających wpływ na stan zdrowotny drzewostanów Nadleśnictwa Gorlice jest lokalne występowanie obiałki pędowej, której zwalczanie ogranicza się do usuwania drzewek opanowanych. Notuje się także występowanie obiałki korowej, lecz bez znaczenia gospodarczego.

         W Nadleśnictwie Gorlice notuje się przeciętne zagrożenie drzewostanów świerkowych od szkodników wtórnych, które ujawniło się szczególnie podczas suszy w roku 2012 i 2013 w postaci nasilenia wydzielania się posuszu.  Natomiast zagrożenie od szkodników wtórnych w stosunku do innych gatunków lasotwórczych w Nadleśnictwie Gorlice aktualnie nie występuje.

            Najpoważniejszym czynnikiem rzutującym na ochronę lasu w Nadleśnictwie Gorlice są szkody od zwierzyny, utrzymujące się na wysokim poziomie. Aby wyraźnie zmniejszyć poziom szkód  niezbędnym wydaje się doprowadzenie liczebności jeleniowatych (głownie jelenia) do poziomów poniżej docelowych stanów określonych w Planach łowieckich. Ponadto niezbędne jest stosowanie różnych sposobów zabezpieczania upraw – chemicznego dla jodły oraz mechanicznego (grodzeń)  w stosunku do wszystkich wprowadzanych sztucznie liściastych gatunków domieszkowych, a lokalnie także dla jodły.