Nadleśnictwem kieruje Nadleśniczy na zasadzie jednoosobowego kierownictwa. Prowadzi on samodzielnie gospodarkę leśną na podstawie planu urządzenia lasu oraz odpowiada za stan lasu.

Strukturę nadleśnictwa stanowią:

• Biuro Nadleśnictwa,
• Leśnictwa,
• Ośrodek Szkoleniowo - Wypoczynkowy "Radocyna" w Czarnem
• Ośrodek Hodowli Zwierzyny Gorlice.

W skład biura Nadleśnictwa wchodzą następujące komórki organizacyjne:

Działy:

• gospodarki leśnej
• ośrodek hodowli zwierzyny
• finansowo-księgowy
• administracyjno-gospodarczy

Samodzielne stanowiska pracy:

• posterunek straży leśnej
• ds. kontroli – inżynier nadzoru

Zastępca Nadleśniczego prowadzi sprawy dotyczące sfery produkcyjnej w Nadleśnictwie, kieruje działem gospodarki leśnej, leśnictwami oraz leśnictwami, odpowiada za prawidłową organizację i realizację planowania i wykonywania zadań w zakresie gospodarki leśnej.

Główny Księgowy wykonuje zadania w zakresie księgowości finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości oraz organizuje i sprawuje kontrole wewnętrzną dokumentów finansowo – księgowych Nadleśnictwa.

Sekretarz Nadleśnictwa prowadzi całokształt spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, odpowiada za prowadzenie spraw inwestycyjno – remontowych, BHP oraz zamówienia publiczne.

Inżynier Nadzoru sprawuje kontrolę prawidłowości wykonywania czynności gospodarczych w Nadleśnictwie.
Sprawuje kontrolę instytucjonalną.

Posterunek Straży Leśnej zajmuje się zwalczaniem przestępstw i wykroczeń w zakresie szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań w zakresie ochrony mienia. 

W skład Nadleśnictwa Gorlice wchodzi 13 leśnictw: