Z inicjatywą założenia Parku Miłosierdzia na pamiątkę wielkiego czasu dla Krakowa, Małopolski i Polski jakim są Światowe Dni Młodzieży 2016 i spotkanie młodych z papieżem Franciszkiem, wystąpili leśnicy. Powstanie tego niezwykłego parku zapoczątkuje posadzenie sadzonek wiecznie zielonego drzewa, jakim jest cis pospolity (Taxus baccata L.).

Sadzonki, które zostaną posadzone w krakowskim Parku Miłosierdzia wyrosły z nasion pobłogosławionych przez papieża Benedykta XVI. Wyhodowali je leśnicy z Nadleśnictwa Syców na terenie Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Poznaniu.

Nasiona pochodziły z blisko 800-letniego, najstarszego owocującego cisa w Polsce, rosnącego na terenie opactwa cystersów w Henrykowie koło Ząbkowic. Leśnicy zebrali nasiona z tego cisa i w 2012 roku, podczas ogólnopolskiej pielgrzymki leśników, zawieźli je do Watykanu, gdzie podczas audiencji generalnej papież Benedykt XVI  je poświęcił.  Wybór drzewa z którego leśnicy zebrali nasiona nie był przypadkowy. W 2000 roku Polskę odwiedził ówczesny kardynał Joseph Ratzinger. W ramach tej wizyty przebywał w henrykowskim opactwie cystersów, gdzie oglądał sędziwe cisy.  

Po zakończeniu sadzenia cisów w Parku Miłosierdzia zostanie odsłonięty i poświęcony pamiątkowy kamień z okolicznościową tablicą. Dwutonowy głaz w kształcie łzy, wydobyto ze stoków góry Wdżar w Kluszkowcach, położonej w paśmie przejściowym między Pieninami a Gorcami. Z wierzchołka góry o unikatowej budowie geologicznej m.in. ze względu na pokłady skały wulkanicznej – andezytu,  roztacza się piękny widok na Beskid Sądecki, Pieniny, Tatry, Podhale, Orawę i Beskid Żywiecki, a więc te wszystkie krajobrazy, które Ojciec Święty Jana Paweł II tak bardzo umiłował. Głaz został zwieńczony miniaturą krzyża z Giewontu.